改めて調べてみるといろんな項目が見づらかったので調整する方法まとめ
Eclipseで検索内容の背景色の設定やフォーカスした変数などの強調表示の色を設定する
設定 → 一般 → エディター → テキストエディター → 注釈 → 出現箇所と書き込み出現箇所

Eclipseで選択行の色を設定する
カーソルが存在する行の強調表示
設定 → 一般 → エディター → テキストエディター → 外観色オプション → 現在行の強調表示

Eclipseで選択した範囲の背景色を設定する
変数などにカーソルを置くと全ての出現箇所を強調表示してくれるが設定したテーマによっては見づらいことがある。
設定 → 一般 → エディター → テキストエディター → 外観色オプション → 選択項目の背景色
変更前

変更後

ちょっと控えめにしてるけどだいぶ見やすくなったのではないかと
これだけあれば十分?
というか設定場所がわかりにくすぎる