FIRApp.defaultApp() がnilでない場合1回呼ばれているのでそれで判定する。
if FIRApp.defaultApp() == nil {
FIRApp.configure()
}
Androidでも似たような感じでいけるはず
ネタ元は以下
http://stackoverflow.com/questions/37910766/app-crashing-when-using-firebase-auth-reason-default-app-has-already-been-con